Værelserne på Fanø Krogaard findes dels i den oprindelige bygning og dels i et nyere anneks.

Værelserne i den oprindelige krogaard er indrettet i ældre stil og har alle havudsigt, så man kan nyde solopgangen over Vadehavet og af og til se sælerne lige uden for vinduet. I annekset er værelserne større og mere moderne indrettet.

Alle værelser er hyggeligt indrettede med bad, toilet, TV med mere end 30 kanaler, radio mm.

Priserne er ligesom værelserne individuelle og starter ved:

kr. 895,00 for et dobbeltværelse